Письмом Минфина России от 20.04.2018 N 03-07-08/26658 было определено, как действовать, когда в соглашении не указана сумма НДС. Ведомство основывается на разъяснениях Пленума ВАС РФ.
Так, необходимо проанализировать условия договора и обстоятельства, при которых вы его заключали (например, изучите деловую переписку).
Если в договоре не указано, что НДС в цену не включен и это не следует из переписки с контрагентом, то налог заложен в цену, указанную в договоре. Исчислять его нужно расчетным методом.
В противном же случае вы можете начислить НДС сверх цены дополнительно.
ФНС придерживается такого же мнения.